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在日常真菌毒素檢測中，無論是快檢方法還是高效液相色譜法等國標方法，都經常會出現同一批貨物多次取樣檢測結果差異，或者同一份抽檢的樣本多次稱樣檢測結果有差異，甚至在檢測同一份粉碎樣本每次稱樣檢測結果出現差異的情況。
真菌毒素檢測誤差一直是糧油、飼料等領域令化驗人員非常頭疼的問題，有時甚至會達到百分之幾百的偏差，誤差的來源和影響因素非常之多，如檢測產品本身、操作流程和細節掌握程度、實驗環境和條件、不同種類樣品的基質效應等，其中影響最大的一個因素就是樣本本身毒素分布的均一性。
如何去降低毒素均一性問題導致檢測的誤差，并通過簡單的實驗驗證判斷樣本的檢測結果差異是否是由于樣本均一性問題導致的就顯得尤為重要。
樣本誤差來源
樣本因素：
糧食生霉粒、霉變粒含量的高低與真菌毒素含量多少無明顯正相關性，不可通過霉變情況判斷真菌毒素含量，真菌毒素檢測值高低主要與糧食是否感染產毒霉菌有關 。糧食在生長、運輸、存儲和加工等環節都會受到真菌入侵，在宿主、光照、溫度、水分活度等適宜環境條件下，產毒霉菌會產生真菌毒素。
真菌毒素是由產毒真菌在一定環境下產生的毒性次級代謝產物，其產生的隨機性和不確定性很大，產生后的毒素也看不見摸不著，具有高度的隱蔽性這直接導致真菌毒素在谷物及制品中的分布不均一。真菌毒素通常只有 ppm 或 ppb 級別(ppm 級別相當于32 kg 糧食中的一顆)，因此真菌毒素污染的這些特點致使準確分析整體谷物中真菌毒素的含量、正確客觀評價真菌毒素的污染水平變得十分困難。
檢驗檢疫學刊中發表的《樣品扦樣與制備-真菌毒素準確分析中的決定性因素》中表明，通常只有少部分的顆粒受到真菌毒素污染，但污染的顆粒上卻含有較高的真菌毒素含量。如對花生、玉米籽粒等大量的農產品檢測結果表明，某些大宗產品中被污染的顆粒比例非常小(0.1%)，但污染的顆粒中真菌毒素含量極高。有些花生粒上黃曲霉毒素的含量超1000000ng/g，在一個玉米粒中發現超過400000ng/g的黃曲霉毒素。
抽樣因素
同其他檢測項目一樣，真菌毒素含量的檢測也包括扦樣、制樣、分析檢測等步驟。每個步驟都會不可避免的引入誤差，對檢測結果造成直接或間接的影響。
扦樣是糧食真菌毒素檢測的第一步，直接影響檢測結果的準確性，如果扦樣方法不合理、樣品數量不具代表性，任何精密儀器的分析結果將毫無意義。
制樣環節的主要誤差是樣品的均一性，在糧食入庫時節，基層檢驗員在使用快檢設備進行真菌毒素檢測時發現，同一樣品的不同粉末檢測結果相差較大，而取同一提取液的檢測結果平行性良好，制粉的均一性問題給收糧工作帶來很大困擾，尤其是對超標附近的檢測結果難以把控。從真菌毒素在糧食顆粒的分布來看，不同部位含量也有所差異。對一批黃曲霉毒素超標的稻谷進行液相分析，發現碾磨后的精米中黃曲霉毒素B1含量在正常范圍內，糙米中黃曲霉毒素B1含量較高，而糠粉中黃曲霉B1含量最高，且占稻谷籽粒黃曲霉毒素B1含量的90%。
次級分析樣品的取樣量也會對真菌毒素的檢測結果造成影響。對總體黃曲霉污染水平為20ug/kg的樣品進行薄層色譜分析，發現次級分析樣品的取樣量從50g提高到100g，測定結果范圍(20~36.9)ug/kg降低為(20~20.5)ug/kg ，適當提高次級分析樣品的取樣量，可減少真菌毒素的分析誤差。
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